光触媒塗料の最大のデメリットは、費用が高額になることです。メーカーや製品にもよりますが、一般的なシリコン塗料の1.5倍ほどの価格と言われています。他の塗料の単価と比べると、まだまだ高い塗料です。

光触媒塗料は、紫外線に反応することで汚れを分解します。逆に光が当たらない場所では効果が発揮されません。
以下のような場所でも効果を発揮しにくいです。
・隣の建物との距離が近い壁
・日照時間が短い北側の壁
などです。
隣の建物との距離が近い場合は雨も当たりにくく、光触媒塗料の効果は薄れてしまいます。

光触媒塗料は他の塗料に比べて選べると色のバリエーションが少なくなります。セルフクリーニング効果を発揮する酸化チタンの色が白なので、効果を十分に発揮させたい場合は濃い色は選べません。
また塗膜の艶についても、シリコン塗料やウレタン塗料ほどの鮮やかな艶を出すことはできません。

光触媒塗料には、屋根用の商品は販売されていません。太陽光や雨が当たる場所の塗装に適している光触媒塗料なので屋根に適しいるのですが、他の塗料を選ぶことになります。
また、屋根と外壁を同時に塗装した場合、耐用年数に差が生じてしまうため、その後の工事のタイミングがずれることもあるでしょう。